Wie auf der GNUnet-Webseite gemeldet wurde, hat die Entwicklung von GNUnet 0.9 begonnen.
Mit Version 0.9.x werden nach Aussage der Entwickler radikale Änderungen am Quelltext vorgenommen. Allem voran ist GNUnet 0.9.x inkompatibel zu GNUnet 0.8.x. Am wichtigsten aber ist, dass Peers von GNUnet 0.9.x sich nicht mit dem Netzwerk von GNUnet 0.8.x verbinden werden können. GNUnet 0.9.x ist eine bedeutende Neugestaltung des gesamten Systems. Die Hauptziele der Umgestaltung sind, die Skalierbarkeit des Entwicklungsprozesses zu verbessern; Programmierstil, der Fehler und Instandhaltungs-Probleme verursacht, zu ändern und veraltete APIs und Message-Formate überarbeiten. Obwohl in Version 0.9.x nichts bezüglich der Kryptographie oder Protokolldesign-Probleme auf hoher Ebene geändert werden soll, erwarten die Entwickler trotzdem bedeutende Geschwindigkeitsgewinne durch die bessere Nutzung von Bandbreite und mehr ereignisgesteuerten Prozessketten.