GeneRecon ist ein Softwarepaket für die Abbildung von Ungleichgewichten bei Verbindungen und verwendet die Coalescent-Theorie. Es beruht auf einer Bayes-Markov-Kette-Monte-Carlo (MCMC)-Methode für feinkörnige Abbildung von Ungleichgewichten bei Gen-Verbindungen unter Verwendung von Marker-Abbildungen hoher Dichte. GeneRecon modelliert explizit die Abstammung eines Beispiels der ursächlichen Chromosome in der Nachbarschaft eines Krankheitsgens. Wenn man ihm Fall- und Steuerdaten in der Form von Genotyp- oder Haplotyp-Informationen gibt, schätzt es eine Anzahl von Parametern ab, insbesondere die Veranlagung zur Krankheit. (non)