Die Ausgabe von dpkg-scanpackages liefert Hinweise, welche Pakete ignoriert wurden zu Gunsten von neueren Paketen. Einfach die Ausgabe in eine Datei umlenken und ein entsprechendes Script schreiben, welches die "überflüssigen" Pakete löscht, bevor man dpkg-scanpackages nochmal ausführt und das dann auf die CD brennt.

Zugegeben, nicht ganz die perfekte Art und Weise.