duplicity fällt mir da ein. Ich hab mir dafür ein Shellskript geschrieben das einmal pro Woche ein Vollbackup macht und jede Nacht ein inkrementelles und das ganze über einen Zeitraum von 2 Wochen.

Man kann mit duplicity auch Backups verschlüsseln aber bei einem lokalen NAS wird das wohl unnötig sein.

http://www.heise.de/security/Hinter-Schloss-und-Siegel--/artikel/78816