knemo: Du musst knemo nochmal konfigurieren und das Icon-Set einmal um- und wieder zurückstellen. Dann funktioniert das Icon.

konqueror: Vermutlich sind das die Icons in der Sidebar? Entweder muss man hier die Sidebar auf die Default-Einstellungen zurückstellen lassen (Rechte Maustaste und dann unter dem Neu-Untermenü) oder man löscht mal die konqsidebar* Dateien in ~/.kde/share/config/

Bei manchen Icons soll es auch helfen, alle Einträge in ~/.kde/cache-*/ zu löschen. Allerdings ist das Problem des fehlenden Icons in dem Arbeitsflächenordner vermutlich damit nicht zu beheben?