Am Einfachsten wird man dieses Problem wohl im Paketmanager lösen, indem man z.B. neben Recommends und Suggests noch so etwas wie Ask einführt, wo in deinem Beispiel der Nutzer darüber informiert wird, dass eine Datenbank benötigt wird um das Paket zu betreiben und der Nutzer deshalb gefragt wird, ob er diese gleich mitinstallieren möchte.