Kurz nach der Tom-Tom-Geschichte wurde die Linux-FAT-Implementierung um dieses MS-Patent herumprogrammiert.
Siehe u.a.:
http://www.heise.de/open/meldung/Linux-Entwickler-wollen-VFAT-Patentproblematik-umgehen-187488.html
Ich bezweifle deshalb, dass überhaupt eine entsprechende Patentverletzung vorliegt.
Aber anscheinend geht es den beteiligten Firmen eher darum, sich gegenseitig zu lizenzieren bzw. möglichst billig die Nutzung der Patente der jeweiligen Gegenseite zu erreichen, auch wenn der Linuxkernel sie gar nicht verletzen sollte.