Tatsächlich fand ich den Artikel (bzw. letztliche die zugrunde liegende Pressemitteilung) auch verwirrend.

Folgender Text wäre imho besser:

"letsencrypt"-Client wird jetzt als "certbox" von der EFF betreut.

Die EFF hat heute bekannt gegeben, dass die schon seit einigen Monaten geplante Umbenennung der bisherigen offiziellen Clientsoftware "letsencrypt" heute durchgeführt wurde. Der neue Name lautet "certbot", die Software wird zukünftig direkt bei der EFF gehostet.

Mit der Umbenennung soll deutlicher gemacht werden, dass die Nutzung der Let's Encrypt CA nicht an einen speziellen Client gebunden ist. Zusätzlich soll die derzeitige Client-Implementierung keinen "unfairen" Vorteil gegenüber anderen Implementierungen erhalten, nur weil sie als "offiziell" gekennzeichnet ist.

(...) [noch etwas mehr zu möglichen Umstiegsschwierigkeiten mit pypi, ACME, Let's Encrypt allgemein]