Das wird wohl eine bekannte Race Kondition von chkrootkit sein.
Es werden einfach die Prozesse unter /proc mit der Anzahl unter Prozessen aus dem ps output verglichen.
Beendet sich z.B. ein Prozess nachdem die /proc Entries gezaehlt wurden, der ps Output jedoch noch nicht, taucht dieses Problem auf.
Schau halt einfach mal unter /proc was an Prozessen laeuft.
Bsp. (nach /proc wechseln und die Namen aller Prozesse mit einer PID zwischen 1 und 10000 ausgeben):
cd /proc;for i in `seq 1 10000`; do if [ -d $i ]; then cat $i/cmdline;echo; fi; done