Es gibt nach wie vor kein Paket Management System welches optimal für alle Einsatzzwecke zu gebrauchen ist.

Oder möchtest Du auch Inkscape mit Gimp verheiraten?

Außerdem sind sich die Linux Distributionen eh noch ziemlich einig. Schon mal geschaut wie das ganze unter anderen Systemen aussieht?

Außerdem gibt es bereits einige Systeme zur Abstraktion. Damit können Entwickler mit relativ wenig Aufwand, unterschiedliche Pakete erstellen.