Bei verschlüsselten Partitionen hat sich das Thema Performance eh erledigt. DMA (Direct Memery Access) ist vorbei, da die Daten nicht direkt von Festplatte ins RAM geschrieben werden können, sondern erst einmal von der CPU entschlüsselt werden müssen.

Außerdem gibt es Sicherheitsprobleme mit verschlüsselten Dateien in Journaling Dateisystemen. Also wenn, dann wie erwähnt die ganze Partition verschlüsseln. Einzelne verschlüsselte Dateien in Journaling Dateisystemen sind problematisch, da jede Menge Infos über die verschlüsselten Dateien in den Journals vorgehalten werden die man besser keinem zeigt, der sich mit Cryptanalyse auskennt.