Wenn das Buildsystem von Octave nicht durchdacht und sorgfältig sinnvoll eingestellt ist, wird das wohl auch ein bisschen an den Devs von Octave liegen oder? Und nur teilweise an den für Linux verfügbaren Buildsystemen an sich.

Ich baue regelmäßig sehr aufwändige Anwendungen mit sehr vielfältigen Abhängigkeiten ohne Probleme. Mit waf und verschiedenen Varianten von configure/make unter Ubuntu 16.04