Wenn die Vereinigung von Desktop und Touch sinnvoll angegangen wird, sehe ich da wenig Probleme. Zumindest wenn die Touch-Zielplattform eher das Tablet als den das Smartphone sind.

Browser sind ein gutes Beispiel, wie sich die Entwicklungen einander annähern, aber immer noch spezielle Anpassungen pro Plattform sinnvoll und notwendig sind.

Nehmen wir den Google Chrome, der vor kurzem als erste Beta für Android erschienen ist.
Die GUI ist erstmal fast wie auf dem Desktop, den auch dort ist sie inzwischen so minimalistisch, das für einen Touchscreeneinsatz kaum Änderungen nötig zu sein scheinen.

Dennoch gibt es unterschiede, und diese sind wichtig. So hat Google beim Android-Chrome eine Funktion integriert, welche bei einem Klick auf den Link die Umgebung berücksichtigt. Ist Chrome nicht sicher ob man einen Link richtig getroffen hat, kommt ein kleines Popup mit Zoom der angeklickten Stelle, und man soll es im Zoom noch einmal anklicken. Das ist bei eng beeinander liegenden Links extrem nützlich.

Gleichzeitig fehlt dem Chrome unter Android aber noch eine wesentliche Funktion, nämlich die Anpassung des Textes auf die Screengröße/den aktuellen Zoom. Der integrierte Browser kann dies (eingeschränkt).
Ohne diese Funltion ist das surfen wesentlich weniger angenehm auf einem Tablet, während das Fehlen auf dem Desktop praktisch nicht bemerkt wird.

Im Vergleich zum Desktop fehlt Chrome jedoch auch einiges, die dort wohl eher selten benötigt werden, wie das Debugging von Inhalten.

Kurzum: Eine Anpassung kann sinnvoll sein, aber man kommt so oder so nicht darum herum, die Eigenheiten einer Plattform zu berücksichtigen.
Wird das nicht vergessen, so lassen sich viele Anwendungen gut auf beiden Plattformen mit ähnlicher GUI nutzen, auch auf dem Desktop ist eine aufs wesentlich optimierte GUI nützlich.

Halbherziges ist jedoch niemans gut, ich hoffe sie berücksichtigen das.