.NET lindert mit seinem GAC zwar etwas, eine Lösung ist das aber nicht. Zudem hilft der auch relativ wenig, da nicht alle Anwendungen in .NET geschrieben sind. Eher wird es immer weniger.
Das beste Konzept ist immer noch alle Abhängigkeiten mitzuliefern. Auf Consumersystemen kann man grundlegenste Systembibliotheken mit stabilem und sauberem API im System belassen (so ist es beispielsweise in OS X gelöst, Container bspw. setzen es idR. ebenso um). In kritischen Anwendungen würde ich jedoch selbst die mitliefern. Nur so kann ich garantieren, dass die Anwendung überhaupt startet, dass sie mit den originalen DLLs startet und, dass Updates konsistent sind. Netter Nebeneffekt in bestimmten Anwendungen, ich werde unabhängig von der verwendeten Distribution.