Was sie entfernt haben (bei den Anwendungen, die sie "kontrollieren"), ist das globale Menü in der oberen Desktopleiste. Das was erscheint, wenn man auf den Anwendungsnamen kickt.

Ich fand das Menü eigentlich für weniger häufig gebrauchte Funktionen ganz gut. Jetzt werden die Funktionen mit anderen Knöpfen wieder in die obere Programmleiste integriert.

Probleme dieses globalen Menüs waren:
- die Frage wie es im Multimonitor-Setup auf den verschiedenen Bildschirmen gezeigt werden soll
- dass der Eintrag sich nur auf das gerade aktive Fenster bezog
- dass bei nicht maximierten Fenster der Mausweg lang war
- dass Nicht-GTK3-Anwendungen als einzigen Eintrag "Beenden" hatten
- dass beim Vergleich verschiedener Anwendungen nicht klar war, warum bestimmte Funktionen im globalen App Menu oder im Hamburger-Menü (Knopf mit den 3 Strichen) aufgeführt werden

Etwas anderes sind die CSD-Headerbars, die weiterhin an die Stelle klassischer Menüs treten und übrigens bei weit mehr als 10% aller GTK3-Anwendungen (alle = die in den Repos einer aktuell gehaltenen Distribution) eingeführt sind.
Diese finde ich auch einen Fortschritt gegenüber klassischen Menüs, da übersichtlicher und platzsparend bzgl. vertikaler Bildschirmfläche. Neben verbesserter Touchbedienbarkeit hat man jetzt außerdem Knöpfe mit Icons und visueller Wiedererkennbarkeit statt der Ambivalenz klassischer Menüs ("war das jetzt in Datei, Bearbeiten oder Ansicht?"). Dazu fällt die Nervigkeit von Ausklappmenüs oder ausgegrauter Menüeinträge weg.
Weiterhin kann man mit der Headerbar platzsparend so etwas wie Tabs implementieren, also verschiedene Programmmodi.

Klassische Menüs werden aber weiterhin unterstützt und Anwendungen mit großen Menüs wie GIMP und Inkscape sind sicherlich nicht vollständig überführbar.